Det kan gå bra men finns risk att det kan komma missbildningar eller andra problem, även problem som inte märks direkt.

Ni har inte funderat på att kastrera kaninerna? Om de blivit parade kan man göra kastrering (innan de utvecklats för långt). Kan vara bästa alternativet (speciellt om ni inte har möjlighet att spara fler kaniner eftersom det för tillfället är ett överflöd av dem så det är svårt att hitta nya hem).

Jag råkade ut för en tjuvparning mellan son och mamma och där föddes tre friska ungar och tre outvecklade (dödfödda) ungar.

Inavel i enbart något led skapar i sig inte missbildningar, däremot kan det dubblera både positiva och negativa anlag så att ev sjukdomar/bettfel m.m. kan dyka upp om det redan finns i linjerna. Denna typ av inavel används regelbundet hos erfarna uppfödare, med syfte att se om där finns oönskade dolda anlag (med det sagt är det ingen PARNING man ska göra bara för att).

För att svara på din fråga, så hade jag avlivat om det är en unge som uppenbart är missbildad eller ex har bettfel eller andra defekter. Ser kaninen frisk ut finns ingen anledning att avliva bara för att den är efter en far+dotter-parning.